In X-Men: Destiny, i giocatori saranno messi nel ruolo di un nuovo mutante che entra a far parte degli X-Men e si troveranno ad affrontare delle "decisioni dure e importanti, quelle che un X-Men si troverebbe a prendere nella realtà", in un mondo alternativo nel quale il sentimento generale contro i mutanti è ormai su livelli altissimi.

Il nuovo videogioco mette i giocatori nei panni della nuove reclute mutante in una ricca trama intricata che presenta un profondo elemento di scelta e da ai giocatori il massimo controllo del loro destino.