Yakuza 4 riprende la storia di Yakuza 3 un anno più tardi e riporta l'ambientazione del gioco a Tokyo. La storia inizia quando un uomo viene ucciso con un'arma da fuoco nel territorio del Tojo Clan, l'organizzazione sempre presente in tutti i giochi della serie. Una piccola banda appartenente al Tojo Clan cerca di investigare sull'accaduto e il suo capo viene presto trovato morto accoltellato. Questi eventi provocano un'intensa lotta tra quattro uomini per denaro, potere, reputazione e onore. La verità diventa evidente quando le menzogne, i tradimenti e gli eventi che si intrecciano vengono rivelati, e quando questi 4 uomini risoluti si uniscono, si assiste alla nascita della nuova leggenda di Kamurocho.

Sperimenta il mondo della malavita giapponese vestendo i panni di 4 personaggi – non sarebbe un gioco sulla Yakuza se non fosse ancora possibile giocare nel ruolo di Kazuma, ma adesso puoi giocare interpretando altri tre personaggi principali della serie. Ogni personaggio ha una missione differente e dà la possibilità al giocatore di esplorare la città da diversi punti di vista e sperimentare la vita della criminalità giapponese in modo del tutto nuovo.

Un'autentica riproduzione di Tokyo - oltre alle luci del centro di Tokyo, i giocatori possono adesso visitare le profondità dell'intricato mondo sotterraneo, esplorare i vicoli della città e ammirarne la veduta dai tetti degli edifici.

Diventa il guerriero più forte – migliora i meccanismi di combattimento e un nuovo sistema di addestramento al combattimento ti permetterà di perfezionare le tue abilità e diventare il guerriero più forte.

Una complessa storia giapponese – una trama intricata che include tutti gli aspetti della cultura giapponese compresi gli hostess bar e il karaoke, nonché l'esplorazione della città.