Il protagonista del gioco, Alan Wake appunto, è un autore di best-seller horror che trae ispirazione, per la trama dei propri libri, dagli incubi che gli fanno compagnia ogni notte. Musa ispiratrice di queste particolari visioni è la sua fidanzata. 
Improvvisamente, quest'ultima scompare dalla circolazione lasciando Wake senza amore e - oltretutto - senza gli incubi alla base del suo successo letterario. 
Il trauma della perdita risulta essere così profondo che il nostro protagonista non riuscirà più a dormire né, tantomeno, ad avere sogni. Pardon, incubi. 

Preso dalla disperazione decide così di ricoverarsi presso una famosa clinica del sonno ubicata a Pride Falls, nello sperduto e freddo stato di Washington - nella punta occidentale della West Coast. 
Dopo un certo periodo di degenza, oltre a ritrovare il sonno, Wake conosce anche una nuova ragazza, per di più molto somigliante con l'amore perduto. Gli incubi finalmente ricominciano, la scrittura pure… ma questa volta tutto ciò che sogna si tramuta in vita reale. 
Al giocatore, toccherà quindi il compito di svelare il mistero alla base delle nostre avventure: Alan Wake è semplicemente impazzito oppure le sue visioni si tramutano veramente in realtà?