In Rune Factory Frontier il giocatore vestirà i panni di Raguna, il giovane protagonista che, inseguendo una misteriosa ragazza, giunge fino a Trampoli, cittadina rurale immersa in un universo campagnolo idilliaco. Il nostro eroe avrà la possibilità di volgere varie attività (coltivare, forgiare, costruire, cucinare, etc..), esplorare il paese e l’isola galleggiante che la sovrasta, oppure cercare nuove avventure nei pericolosi sotterranei.
Man mano che si amplieranno i confini dei centri abitati crescerà anche il numero degli abitanti e i villaggi si popoleranno di bottegai, contadini, oste e artigiani. 
Sarà libera scelta del protagonista se aiutare i nuovi cittadini diventando il loro eroe o combatterli e farsi dei nemici.