Questo gioco di azione in 3D è uno dei titoli di lancio più popolari per Nintendo DS. Rispetto all'originale Super Mario 64, questa versione presenta una serie di nuove funzionalità che piaceranno sia ai nuovi arrivati che ai veterani.

Durante la missione di Mario, potranno essere sbloccati 3 nuovi personaggi giocabili (Luigi, Yoshi e Wario), ognuno di loro con abilità uniche. Il gioco include anche nuovi livelli, con il numero di Stelle totali dopo il completamento che passa da 120 a 150.