La scelta del Pokémon da assegnare al giocatore avviene dopo una serie di domande iniziali. Il Pokémon viene scelto tra sedici: Bulbasaur, Charmander, Chikorita, Cubone, Cyndaquil, Eevee, Machop, Meowth, Mudkip, Pikachu, Psyduck, Skitty, Squirtle, Torchic, Totodile o Treecko. Dopo che viene stabilito il Pokémon con cui cominciare l'avventura, viene chiesto al protagonista di scegliere un Pokémon accompagnatore tra tutti gli starter (compreso Pikachu). Tuttavia non si può scegliere un accompagnatore dello stesso tipo del protagonista.

All'inizio del gioco ci troveremo in una foresta in stato confusionale cercando di capire come abbiamo fatto a diventare un Pokémon (noi in realtà siamo infatti un umano). All'improvviso arriva il nostro futuro compagno di squadra e dopo un breve dialogo siamo raggiunti da Butterfree che ci chiede di salvare il suo Caterpie che era precipitato in un dirupo formatosi sul suolo. Dopo aver portato a termine la missione il nostro compagno di squadra ci offre di formare una "Squadra di Soccorso" per aiutare gli altri Pokémon in pericolo.

Ogni giorno riceveremo della posta con le missioni ma potremmo anche sceglierne alla bacheca dell'Ufficio Postale Pelipper dove potremmo anche lanciare o accogliere degli SOS via wireless (per essere aiutati o per aiutare nei dungeon degli amici).

Salvando Pokémon in difficoltà è possibile ricevere una somma di denaro in una valuta chiamata "Poké". Questi possono essere spesi nei centri commerciali e all'interno dei "combi market", luoghi che permettono di unire due mosse, o comprare aree amico. Tra i bonus del gioco sono presenti le bacche, già presenti a partire da Pokémon Oro e Argento.