Nelke & the Legendary Alchemists: Ateliers of the New World mette i giocatori nei panni di Nelke von Lestamm, una giovane nobildonna, che è sempre stata affascinata dall'antica leggenda del Sage of Granzweit: un racconto che riguarda il Granzweit Treee che si dice conferisca un grande potere a coloro che lo scoprono.
Dopo aver affinato le sue abilità e aver compreso di non essere portata per l'alchimia, Nelke studia duramente per diventare un funzionario governativo e aiutare così le persone intorno a lei. Nel giorno in cui Nelke è destinata a laurearsi, tuttavia, la sua vita cambia per sempre quando apprende che il Granzweit Tree può essere trovato nelle terre di suo padre vicino al piccolo villaggio di Westwald.
Suo padre le concede il permesso di cercarlo a una condizione -che diventi una governatrice dell'area e sviluppi Westwald trasformandola in una prospera città.
I giocatori dovranno lavorare duramente per trasformare Westwald da un villaggio pittoresco a una città fiorente e potranno richiedere l'aiuto dei molti alchimisti presenti nella città. Nelke and the Legendary Alchemists: Ateliers of the New World presenta famosi alchimisti dei precedenti titoli della serie Atelier, inclusi quelli delle trilogie di Salburg, Arland, Dusk e Mysterious