Con l'aiuto di Raiden, il Dio del Tuono, gli eroi più potenti della Terra hanno respinto tutte le invasioni delle altre forze del ultraterrene in un torneo noto come Mortal Kombat. Benché abbia vissuto per molti anni un periodo di pace relativa, la Terra adesso si trova esposta ad una nuova minaccia. E questa volta il male ha due volti.
Nel tentativo di prendere il controllo dei reami, gli stregoni Shang Tsung e Quan Chi hanno unito le forze e si stanno preparando a riportare in vita l'esercito scomparso del mitologico Re Dragone. Se riusciranno nel loro intento saranno inarrestabili.

Mortal Kombat Deadly Alliance è l’unico gioco che miscela in modo accurato e assolutamente personale la brutalità e il misticismo tipici del franchise con il rinnovato sistema di combattimento delle console di nuova generazione.