Il gioco è ambientato nell'autunno del 2004. Leon S. Kennedy, ex poliziotto sopravvissuto all'incidente di Raccon City, avvenuto sei anni prima, è ora un agente del governo incaricato di rintracciare e salvare la figlia del presidente: Ashley Graham. Ashley è stata rapita da un misterioso gruppo terroristico grazie a una talpa, che si scoprirà essere proprio Jack Krauser un vecchio compagno d'armi di Leon. Secondo alcune segnalazioni attendibili Ashley è stata portata ad El Pueblo, un remoto villaggio dell'Europa centrale. Leon si reca sul posto ma non appena arrivato capisce che qualcosa non va: gli abitanti del villaggio non sono persone normali ma esseri ostili e violenti dotati di una forza e una resistenza sorprendenti, che superano decisamente i limiti umani. Tali persone sono infatti state infettate da un misterioso parassita noto come Las Plagas, che li ha trasformati in esseri denominati Los Ganados privi di consapevolezza o di una qualsivoglia volontà propria e costretti ad appartenere alla setta dei Los Iluminados da un Lord di nome Osmund Saddler, che ha scoperto come controllare questi parassiti. Saddler è il mandante del rapimento di Ashley, ed è intenzionato ad usare la figlia del presidente con il duplice obbiettivo di ottenere un lauto riscatto e di infettare la ragazza per rimandarla in America e propagare l'infezione delle Plagas nell'intero paese e assoggettare così gli Stati Uniti al controllo degli Illuminados per poi sfruttare la potenza militare della nazione per dare il via ad una guerra atta a dominare l'intero mondo grazie ai parassiti. Sarà compito di Leon sventare questo piano e salvare la figlia del presidente, annientando i piani di conquista degli Illuminados nonché l'intera setta.